Setiap desa pasti memiliki sejarah mulai dari berdirinya dan tokoh / pendiri di suatu desa tersebut begitu pula di Desa Muktiharjo. Desa Muktiharjo memiliki 6 dukuh, yaitu :

1. Dukuh Rendole;

    Dukuh Rendole yang terletak di RW 01 terdiri dari 8 RT. Di Dukuh Rendole ini terdapat punden yang dipercaya menjadi tokoh pendiri dukuh yang bernama Ki Ageng Sebo Manggolo. Selain itu di Dukuh Rendole juga terdapat Pintu Gerbang Majapahit

2. Dukuh Muktisari;

    Dukuh Muktisari yang terletak di RW 02 terdiri dari 7 RT. Di Dukuh Muktisari ini terdapat makam Adipati Cipto Mangon Oneng dan Makam Ratu Pamegat Sari II.

3. Dukuh Sekarkurung;

    Dukuh Sekarkurung yang terletak di RW 03 terdiri dari 11 RT. Di Dukuh Sekarkurung ini terdapat punden yang dipercaya menjadi tokoh pendiri dukuh yang bernama Makam Mbah Ratu.

4. Dukuh Bangsri;

    Dukuh Bangsri yang terletak di RW 04 terdiri dari 3 RT. Di Dukuh Bangsri ini terdapat punden yang dipercaya menjadi tokoh pendiri dukuh yang bernama Makam Mbah Sentono.

5. Dukuh Ngagul; 

    Dukuh Ngagol yang terletak di RW 05 terdiri dari 4 RT.

6. Perumahan Rendole Indah.

    Perumahan Rendole Indah yang terletak di RW 06 terdiri dari 9 RT